Впервые напечатано в журнале "Жизнь", 1899, томы: II, III, IV, VI, VII, VIII, IX, февраль-апрель, июнь - сентябрь, с подзаголовком "Повесть". Отдельным изданием повесть вышла в 1900 г. с посвящением А.П.Чехову в издании "Библиотека "Жизни", номер 3.
К первым книгам журнала "Жизнь" за 1899 год, в которых печаталась повесть М.Горького, относится следующий отзыв В.И.Ленина в письме к А.Н.Потресову от 27 апреля 1899 года: "Беллетристика прямо хороша и даже лучше всех!" (В.И.Ленин. Сочинения, изд.3-е, т.XXVIII, стр.31-32).
Начало работы над повестью относится к 1898 г. Творческий замысел А.М.Горький раскрыл в письме к С.Дороватовскому в феврале 1899 г. "Эта повесть, - писал он, - доставляет мне немало хороших минут и очень много страха и сомнений, - она должна быть широкой, содержательной картиной современности, и в то же время на фоне её должен бешено биться энергичный здоровый человек, ищущий дела по силам, ищущий простора своей энергии. Ему тесно. Жизнь давит его, он видит, что героям в ней нет места, их сваливают с ног мелочи, как Геркулеса, побеждавшего гидр, свалила бы с ног туча комаров". В этом же письме далее А.М.Горький пишет: "...параллельно с работой над Фомой составляю план другой повести "Карьера Мишки Вягина". Это тоже история о купце, но о купце уже типическом, о мелком, умном, энергичном жулике, который из посудников на пароходе достигает до поста городского головы. Фома - не типичен как купец, как представитель класса, он только здоровый человек, который хочет свободной жизни, которому тесно в рамках современности. Необходимо рядом с ним поставить другую фигуру, чтобы не нарушать правды жизни" (Архив А.М.Горького).
В своей переписке периода печатания повести М.Горький неоднекратно жаловался на обилие искажений и изъятий, которые делались царской цензурой.
А.М.Горький уже в июне 1899 г. намеревался переработать "Фому Гордеева", о чём и писал С.Дороватовскому: "Я его буду зимой переписывать с начала до конца и, думаю, - исправлю, поскольку это возможно" (Архив А.М.Горького).
В результате этой работы из повести исключены целые главы, отдельные сцены, изменено деление повести на главы.
Повесть включалась во все собрания сочинений.
Печатается по тексту, подготовленному М.Горьким для собрания сочинений в
издании "Книга".